Lumawak ang labanan mula Maynila hanggang sa ilang bahagi ng Luzon. Pinangunahan ni Heneral Henry Lawton ang mga operasyon sa timog, habang pinamunuan ni Otis ang mga pag-atake sa hilaga.
Ang mga rebeldeng Pilipino ay napilitang tumakas patungong Bulacan, kung saan sila ay hinabol ng hukbong Amerikano ni MacArthur. Ang mga rebeldeng Pilipino ay tumakas sa San Fernando, Pampanga, nang dumating si MacArthur. Inilipat din ni Aguinaldo ang puwesto ng pamahalaan sa San Isidro, Nueva Ecija.
Ang Labanan sa ibang panig ng Pilipinas
Sa ilalim ng pamumuno ni MacArthur, kinubkob ng mga Amerikano ang Zapote, Bacoor, at Dasmarinas sa Cavite; at utos ni Heneral Loyd Wheaton, Las Pinas at Paranaque, Morong at Santa Cruz, Paete, at iba pang bayan sa Laguna. Ang mga Pilipino sa San Mateo, Rizal, sa pamumuno ni Heneral Licerio Geronimo, ay naging matagumpay sa pagpaslang kay Lawton sa Estados Unidos.
Sina Belarmino at Jose Ignacio Pawa ay humarap kay US General Marcus Miller sa rehiyon ng Bicol, lalo na sa Albay at Sorsogon. Sa pamumuno ni Martin Delgado, bayani ring ipinagtanggol ng mga taga-Iloilo ang kanilang lalawigan. Pinangunahan ni Arcadio Maxilom ang pagsingil sa Cebu, habang si Leandro Fullon ang nanguna sa pagsingil sa Antique.
Samantala, maluwag na napalibutan ng US ang Negros. Dahil ang Negros ay nakikiramay sa mga Amerikano, ito ang kaso. Ang tinatawag na Konstitusyon ng Negros ay binalangkas din ng mga kilalang mamamayan ng Negros. Iniharap ito sa pangulo ng Estados Unidos at nagsilbing pundasyon para sa pamamahala ng isla. Mula Abril hanggang Hunyo 1900, tatlong labanan ang naganap sa Cagayan de Misamis, ngayon ay Cagayan de Oro City. Pinangunahan ni Koronel Apolinar Valez ang mga Katipunero sa tagumpay laban sa mga Amerikano sa pakikipaglaban sa Burol Makahambus. Isa ito sa iilang panalo ng mga Pilipino noong Digmaang Pilipino-Amerikano.
