Sa simula, ang Cavite Mutiny ay itinuring bilang isang pag-aalsa ng mga sundalo laban sa kanilang mga opisyal sa Fort San Felipe sa Cavite City. Ngunit sa pamamagitan ng pagsusuri ng iba't ibang pananaw at ebidensya, lumitaw ang iba't ibang teorya at katanungan hinggil sa tunay na likas ng pangyayari.
Una sa lahat, ang tanong ng pagiging mapanlikha o totoong krimen ng mga akusado ay nagpatuloy hanggang sa kasalukuyan. Ayon sa opisyal na bersyon, ang mga sundalong Pilipino na sina Sergeant La Madrid at Corporals Sevilla, Pagulayan, and Gomez, ay umaklas dahil sa mga kundisyon sa kanilang trabaho at sa mga paglabag sa kanilang mga karapatan bilang mga sundalo. Subalit, maraming nagsasabi na maaaring may mas malalim at masaklaw na motibo sa likod ng pag-aalsa.
Isa sa mga teorya ay ang posibilidad na ang Cavite Mutiny ay isang hudyat lamang ng mas malawakang kilusan para sa kalayaan ng Pilipinas mula sa Espanya. Ipinapalagay ng ilan na ang mga sundalong ito ay bahagi ng isang lihim na samahan na may layuning ipaglaban ang soberanya ng bansa laban sa dayuhang kapangyarihan. Ang pagkakahuli at pagpaparusa sa kanila ay maaaring isa lamang sa mga hakbang ng pamahalaan upang supilin ang anumang pag-aalsa laban sa kanilang kapangyarihan.
Dagdag pa rito, may mga nag-aalok ng teorya na ang Cavite Mutiny ay bahagi ng isang mas malawakang plano ng mga Espanyol upang diskredituhin at supilin ang mga Pilipinong intelektuwal at lider ng komunidad. Sa pamamagitan ng pag-imbento ng isang pag-aalsa at pag-uugnay nito sa mga katulad ng Propaganda Movement, na naglalayong makamit ang reporma at kalayaan, maaaring nagsisilbi itong palusot upang dakpin at parusahan ang mga aktibista.
Ang misteryo at tanong tungkol sa kababalaghan ng Cavite Mutiny ay nananatili hanggang sa kasalukuyan. Marami pa rin ang nagtatanong kung ano ang tunay na layunin at likas ng pag-aalsa na ito, pati na rin kung paano ito nakakaapekto sa kasalukuyang pananaw at pag-unlad ng bansa.
Ang Cavite Mutiny ay hindi lamang isang pangyayari sa kasaysayan ng Pilipinas kundi isang patunay ng kahalagahan ng pagsusuri at pagsasaliksik sa likas ng katotohanan at kasaysayan. Ang pagtuklas ng mga kontekstwal na detalye at ang pagbibigay-halaga sa iba't ibang pananaw ay nagbubukas ng mga pintuan sa mas malalim na pag-unawa at pagpapahalaga sa ating mga pinagmulan at identidad bilang isang bansa.