Ilang araw pagkatapos ng Sigaw sa Pugad Lawin, naganap ang sunud-sunod na komprontasyon ng Katipunero at tropang Espanyol. Ang lahat ng ito, gayunpaman, ay hindi naging maganda para sa alinmang kampo — partikular sa mga Kastila, dahil sa kakulangan ng armas.
Noong Agosto 30, 1896, sinalakay ng gang ni Bonifacio ang planta ng pulbura sa San Juan del Monte, na nagresulta sa unang matinding labanan. Si Bonifacio ay natalo sa labanang ito. Ang mga tropang Espanyol sa San Mateo, Marikina, at Montalban ay sinalakay noon ni Bonifacio. Ang mga nayong ito ay saglit na kinuha ni Bonifacio, ngunit mabilis na nabawi ito ng mga Kastila.
Sina Emilio Aguinaldo, Artemio Ricarte, Mariano Alvarez, at Tomas Mascardo ang mga pinuno ng himagsikan sa Cavite. Noong Agosto 31, 1896, nabawi ng pangkat ni Aguinaldo ang Nobelata nina Kawit at Alvarez. Ang Imus, Binakayan, at Dalahican ay kinuha rin ng mga rebeldeng Pilipino.
Noong Setyembre 2, 1896, sinalakay ng partido ni Mariano Llanera ang kuta ng mga Espanyol sa Cabiao, Nueva Ecija. Sumunod na nag-alsa laban sa mga Kastila ang mga lalawigan ng Cavite, Bulacan, Batangas, Laguna, at Tayabas na ngayon ay bahagi na ng Quezon Province. Maging ang Mindanao ay naapektuhan ng himagsikan.
Upang hindi na lumawak pa ang himagsikan, nagsagawa ang mga Kastila ng malawakang pag-aresto at paghahanap sa mga tahanan ng mga pinaghihinalaang Katipunero, gayundin ang pagtulong sa insurhensya.
Idineklara ni Gobernador-Heneral Ramon Blanco ang batas militar sa Maynila, Cavite, Batangas, Laguna, Tarlac, Nueva Ecija, Bulacan, at Pampanga noong Agosto 30, 1896, ang unang walong lalawigang nag-alsa laban sa mga Kastila.
Sinabi ng pamahalaan sa mga Katipunero na sila ay patatawarin kung sila ay sumuko, ngunit tumanggi ang mga Kastila. Matapos sumuko, ang mga Katipunero ay ikinulong at pinahirapan hanggang sa ibunyag nila ang lahat ng kanilang nalalaman tungkol sa grupo. Ang mga bihag ay maaaring ikinulong sa Fort Santiago o ipinadala sa Caroline Islands sa Africa.
