Ang isang dalubhasang ahensya ng gobyerno, gaya ng Commission on Audit (COA) sa Pilipinas o Office of the Director of National Intelligence (ODNI) sa United States, ay karaniwang responsable sa pag-audit ng kumpidensyal at intelligence na pera. Ang mga organisasyong ito ay nagtataglay ng kaalaman at access sa classified data na kinakailangan upang mahusay na mag-audit ng sensitibo at intelligence na pera.
Ang mga auditor ng lihim at intelligence money ay madalas na gumagamit ng ilang pamamaraan, kabilang ang:
· Pagsusuri ng dokumentasyon: Upang matiyak na ang pera ay ginamit nang maayos, sinusuri ng mga auditor ang mga dokumento tulad ng mga kontrata, mga invoice, at mga resibo.
· Panayam: Ang mga auditor ay nakikipag-usap sa mga kinatawan at kawani ng gobyerno upang malaman kung paano ginastos ang mga pondo.
· Pagmamasid sa mga operasyon: Maaaring panoorin ng mga auditor ang mga operasyon upang matiyak na napupunta ang pera kung saan ito dapat.
Ang mga auditor ng lihim at intelligence money ay dapat magsagawa ng kompromiso sa pagitan ng pangangailangan para sa pagiging bukas at ang pangangailangan na pangalagaan ang pambansang seguridad. Dahil dito, ang mga pag-audit ng lihim at intelligence na pera ay madalas na inuri, at ang kanilang mga natuklasan ay hindi isiwalat.
Sa Pilipinas, obligado ang COA na i-audit ang bawat gastos ng gobyerno, kabilang ang pagpopondo para sa intelligence at lihim na impormasyon. Gayunpaman, ipinagbabawal ang COA sa pag-audit sa mga detalye kung paano ginagamit ang mga pera para sa katalinuhan at pagiging kumpidensyal. Ito ay dahil sa posibilidad na ang pagbubunyag ng naturang impormasyon ay maaaring mapahamak ang pambansang seguridad.
Sa halip, ang COA ay nakatuon sa pagtatasa ng mga patakaran at mga gawi sa lugar upang magarantiya na ang mga perang inilaan para sa katalinuhan at pagiging kumpidensyal ay ginagamit nang maayos. Halimbawa, maaaring suriin ng COA kung paano inaaprubahan ng gobyerno ang mga kahilingan.
